Ένας από τους βασικούς στόχους του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας είναι και η δημιουργία νέας γνώσης μέσα από την προαγωγή της επιστημονικής Έρευνας. Η ερευνητική δραστηριότητα του Πανεπιστημίου, όπως αυτή στηρίζεται από το έμψυχο υλικό (μεταπτυχιακοί και προπτυχιακοί υπότροφοι, μεταδιδακτορικοί ερευνητές, κλπ) και από την κατάλληλη υλικοτεχνική υποδομή (εργαστήρια, όργανα, υπολογιστές, πειραματικά μέσα, κλπ), αποτελεί το σημαντικότερο παράγοντα για την αναβάθμιση και του επιπέδου της Διδασκαλίας και της Εκπαίδευσης.

Eρευνητικά προγράμματα διεξάγονται στο Ίδρυμα είτε με πόρους δικούς του, είτε χρηματοδοτούμενα από την Γενική Γραμματεία Έρευνας και Tεχνολογίας (ΓΓET) και άλλους φορείς του Δημοσίου, είτε χρηματοδοτούμενα από την Eυρωπαϊκή Ένωση, είτε τέλος χρηματοδοτούμενα από ιδιωτικούς φορείς (επιχειρήσεις) της χώρας μας ή και άλλων χωρών, υπό ορισμένες ακαδημαϊκές προυποθέσεις. Στο πλαίσιο υλοποίησης των προγραμμάτων επιτυγχάνονται διμερείς ή πολυμερείς διακρατικές συνεργασίες με Πανεπιστήμια, ερευνητικά κέντρα και άλλους φορείς, στον εθνικό και ευρωπαϊκό χώρο, αλλά και σε τρίτες χώρες.

Η Επιτροπή Ερευνών είναι συλλογικό αιρετό όργανο του Πανεπιστημίου, επιφορτισμένο από το νόμο με τη διοίκηση-διαχείριση του "Ειδικού Λογαριασμού", ο οποίος λειτουργεί με σκοπό τη διακίνηση και διαχείριση ερευνητικών, τεχνολογικών, επιμορφωτικών προγραμμάτων καθώς και άλλων σχετικών υπηρεσιών που παρέχονται από τα μέλη του Ιδρύματος.

Ο Ειδικός Λογαριασμός λειτουργεί στο Πανεπιστήμιο Δυτικής Μακεδονίας κατά τα οριζόμενα από την ΚΑ/679/1996 κοινή απόφαση των Υπουργείων Οικονομικών και Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων, όπως αυτή κάθε φορά ισχύει.

Ο Τακτικός Έλεγχος της διαχείρισης του Λογαριασμού και ο Έλεγχος του ισολογισμού του πραγματοποιείται κάθε χρόνο από τους Ορκωτούς Ελεγκτές που ορίζονται ύστερα από πρόταση της Επιτροπής με απόφαση της Συγκλήτου από πίνακα δέκα Ορκωτών Ελεγκτών που καταρτίζει το Δ.Σ. του Σώματος Ορκωτών Ελεγκτών.

Ο έλεγχος των δαπανών ενεργείται με βάση τα πρωτότυπα δικαιολογητικά, δηλαδή τα σχετικά τιμολόγια και αποδείξεις των προμηθευτών ή δελτία παροχής υπηρεσιών, τα οποία τηρεί η Γραμματεία για κάθε πραγματοποιούμενη δαπάνη, και χωριστά για κάθε εκτελούμενο έργο.